1. 高素质农业生产管理人才短缺，尚未建立起职业农民教育体系。
目前我国农村高素质人力资本流失严重，留守农民年龄、文化、性别结构不协调，受教育程度普遍偏低，以女性为主，网络信息技术应用不多，现代农业生产意识相对薄弱。
而我国目前的职业农民教育体系尚未建立，新型农民培养机构少，培养过程走马观花，使得我国现代职业农民难以培育，高素质农业生产经营人才短缺，导致农村智慧农业的初创者和支持者寥寥无几，智慧农业建设和发展的内生动力严重不足，在我国农村地区发展缓慢。
所以，农业生产管理高素质人才的缺乏，已经成为困扰我国智慧农业发展的重大难题，迫切需要建立新型职业农民教育体系。
2. 智慧农业科研体系不完善，农业科技推广与服务能力不足；
目前，由于我国政府和社会对农业科研工作的支持力度不够，农业科研体系还不够完善，科技成果转化的生产力水平不高，导致我国农业科研工作进展缓慢，难以在建设发展智慧农业中发挥作用。
一是国家农业科研体系顶层组织部门尚未建立，许多农业科研机构没有形成统一的组织体系，缺乏明确的科研分工、合作指导和沟通渠道，大量小型科研项目重复、突破性大项目难以系统协作完成；
二是由于我国农业科研机构缺乏统一的指导与支持，科研成果应用与推广力度不大，根据大规模生产数据难以确定其运行的标准参数，许多科研成果缺乏应用检验，致使一些智慧农业科研成果体系的准确性不高，运行波动过大；
3. 智慧农业的基础设施建设滞后，机械设备现代化水平不高；
目前，我国大部分地区农业基础设施仍然落后，农业机械的大型现代化设备很少。
我国目前大部分农田道路损毁严重，路面狭窄、坑洼不平，雨雪天气泥泞不堪，甚至出现不能通行的现象。
大多数家畜禽舍的基础设施只限于照明和取暖，几乎没有其他现代养殖设备；我国大部分地区的农业灌溉设施都只是简陋的水沟，只能采用传统的漫灌式大水漫灌方式，高效节水灌溉，如喷灌和滴灌，只在部分地区修建了运输管道，造成农业用水浪费严重，农田土壤板结，养分流失。
此外，由于市场上农机设备数量较少，价格过高，而且政府补贴较少，使得分散经营的小型农业企业难以购买，许多现代农业机械不能投入使用。
