1、智慧水利缺乏顶层设计的统筹能力。
信息化基础设施统建与共享力度有待加强，水利局内部还存在一些相对独立的信息系统，未进行综合设计和综合整合，存在重复建设、资源利用不足等问题。在某些业务领域存在着信息集中而共享不足的问题，各业务平台之间的协同联动机制的作用还没有凸显。城市、县、镇三级信息化建设管理联动机制尚未形成。
2、我国的水利基础设施建设亟待解决。
各城市水利基础感知系统经过多年的发展和积累，已经形成了一张与水利工程、水文学、水资源等业务相关的感知站网，但随着新时期水利现代化的需要，基础设施建设的力度和水平还有待进一步提高，水利信息化建设仍有待加强。大多数闸泵、水库工程都是独立运行管理状态，不能组网，而且目前水利局内部还不能实时监测城区重要水利工程的运行状态，无法实现对各泵站的集中调度和调度。
3、建设智慧水利工程对数据共享的应用层次不够。
数据更新不及时、不全面、准确度低，是地理空间信息数据、水利监测、业务管理等基础数据库需要进一步整合和完善。由于受条线分割、各自为政的束缚，业务间、上下级之间数据共享困难，频率也较低，“纵强横弱”、“以我为主”、“分散建设”等信息孤岛现象依然存在。公开数据的体制机制还不完善，数据分析挖掘不够深入，基于大数据的应用、管理和决策需要加强。
4、智慧水利综合多种服务的水利大平台急需建设。
多数市政水利部门已建立10个业务应用系统，包括防汛管理工作平台、防汛视频监控系统、水利办公OA系统、汛情预警发布系统、水政发系统、取水口实时监测系统、洪水风险预报系统、小型工程运行管理平台、水情预警发布系统、传真群发系统等；
所以，在保证防洪工程安全的前提下，加强水资源监测管理能力，提高水利工程管理效率，要考虑到多个系统、多目标等因素的影响，完善已建系统，整合梳理各业务系统，构建一个统一、协同的智慧水利综合管理大平台，采用统一的标准化支撑层：单点登录和统一权限管理系统。
5、智慧水利工程的智慧功能还没有充分体现。
尽管当前水利信息化建设已取得一定成绩，为各项水利工作提供了重要支撑，但与“智慧水利”的差距仍较大。各种已有的水利业务应用缺乏对新识别技术、大数据、云计算、物联网、人工智能、移动互联网等新技术的应用，应用功能相对单一，信息技术应用深度浅，智慧化程度不够，需要在智慧水利建设中大力推广信息新技术的广泛应用。
